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Stadt und Burg dürften wahrscheinlich schon bestanden haben bevor die Grafen von Neuenburg Anfangs des 13.Jh. ihre Burg erbaut hatten. 1311 wird für Boudry eine Bürgerschaft erwähnt, was auf eine Jahrzehnte alte Stadt hinweist. Erst 1343 erhielt Boudry von Graf Ludwig einen eigenen Freibrief. Graf Ludwig hielt sich nur wenige Tage im Jahr auf der Burg auf, welche durch einen Angestellten unterhalten wurde, und überprüfte die Abgaben seiner Untertanen oder regelte rechtliche Dinge. Nach seinem Tode 1373, er war der tatkräftigste Vertreter seines Geschlechts, hinterliess er Boudry seiner dritten Gemahlin, Margrit von Vufflens, als Witwensitz zur Nutzung für ihren Unterhalt.
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Die Grafschaft Neuenburg vermachte er seiner Tochter Isabelle. Mit Margrit, als neue Herrin, begann für die Bewohner der Herrschaft Boudry eine schlechte Zeit. Margrit heiratete 1373, im selben Jahr in dem ihr Mann verstarb, Jaques de Vergy. Die Beiden bedrohten ihre Untertanen und begannen diese regelrecht auszuplündern. Sie befahlen einige ihrer Untertanen auf die Burg und liesen acht von ihnen in den Kerker werfen. Daraufhin beschlagnahmten sie deren Güter und verkaufen diese. Ihren Knechten befahl Margrit, in die Häuser der Bürger einzudringen und alles zu stellen was nicht Niet und Nagelfest war. Das ausgeflippte Paar begann sogar die Befestigungsanlagen der Stadt zu demolieren und zerstörte sieben Häuser total. Zu guter Letzt liessen sie die Stadt anzünden und auf jeden schiessen der die Flammen löschen wollte. Dazu kamen noch ihre Truppen, die in der Umgebung alles plünderten was sie konnten und die einen ganzen Eichenwald abholzten und die Stämme verkauften. Gräfin Isabelle musste schliesslich mit Waffengewalt gegen ihre Stiefmutter vorgehen und Boudry besetzen. In einer Klageschrift an den Erzbischof von Besançon wurden alle Verfehlungen aufgezeichnet und Margrit musste Stadt und Burg, gegen eine Abfindungssumme von 2000 Gulden, an Gräfin Isabelle von Neuenburg abtreten. Von diesem Zeitpunkt an war die Geschichte der Stadt eng mit dem späteren Fürstentum Neuenburg verknüpft. Die Schäden wurden im Laufe der Zeit repariert. Doch war das Schloss derart verwahrlost, dass nur noch die nötigsten Reparaturen ausgeführt wurden und der Kastellan seinen Wohnsitz in die Stadt verlegte.
Das Schloss ist ein Museum Musée de la Vigne et du Vin Öffnungszeiten: Di-So, 14-17 Uhr, 2017 Boudry, Tel. 032 / 842 38 32
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